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La enseñanza agrícola superior en el Ecuador comenzó en 1931, al establecerse la Escuela de Agronomía como parte de la Facultad de Ciencias en la Universidad Central del Ecuador. Dos años más tarde, se crea la Escuela de Medicina Veterinaria. Las dos Escuelas en 1948 forman la Facultad de Ingeniería Agronómica y Medicina Veterinaria que en 1978 se transforman, cada una, en las Facultades de Ciencias Agrícolas y la de Medicina Veterinaria y Zootecnia. En 1945 la Universidad de Loja crea la Escuela de Agronomía y en 1948 lo hace la Universidad de Guayaquil. Posteriormente, se crea universidades técnicas con la rama agropecuaria, en Portoviejo, Machala, Esmeraldas, Ambato, Babahoyo, Riobamba y Quevedo. A partir de 1949 las Escuelas de Loja, Guayaquil y Quito, se consolidan como Facultades de Agronomía y/o Medicina Veterinaria. Las Universidades particulares católicas de Guayaquil, Cuenca y la Técnica de Loja organizan facultades para la enseñanza agropecuaria. Posteriormente de 1993 la Escuela Superior Politécnica del Ejercito (ESPE) crea el Instituto Andino Superior Agropecuario (IASA). La Facultad de Agronomía y Veterinaria se separa de la Universidad Estatal de Guayaquil y forma la Universidad Agraria del Ecuador. El 15 de abril de 1973, se crea el Consejo Nacional de Facultades de Ciencias Agropecuarias del Ecuador (CONFCA), cuyos objetivos son "unir a las Facultades de Ciencias Agropecuarias, mediante un mecanismo de coordinación que incentive el mejoramiento de la formación profesional e impulse las conexiones de las Facultades con el sector público y privado del país o del extranjero". En 1990 se inician estudios de postgraduados en ciencias agrícolas conducentes a Diplomas de Actualización, de Especialistas y títulos de Master en las Facultades de Loja, Quito y Guayaquil.
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